Euh, je tente ma chance :
Alors, je ne suis pas du tout certaine d'avoir compris ta question parce que je n'ai jamais eu à faire cette manip, mais ça me fait penser à une autre manip que je fais en matte painting ; je n'ai pas pris le temps de lire tous les postes parce que j'ai 2 secondes 17 images chrono devant moi pour te répondre :
pour présever tes pixels et recoloriser sur ce qui a déjà été colorisé, tu peux essayer d'appliquer un calque à un autre. Tu crées un nouveau calque au-dessus de celui que tu veux re-coloriser et ensuite, tu amènes ton curseur entre les deux calques en maintenant la touche "alt" enfoncée. Si ensuite tu ne veux coloriser que l'extérieur, tu fais une sélection en appuyant sur l'icone du calque (le rectangle blanc sur le calque même) et en maintenant ctrl enfoncée : et tu inverse la sélection ensuite...
Est-ce que ça t'aide ou pas, ou je n'ai fait que te dire des choses que tu savais déjà peut-être? Sinon je connais une bonne recette de gâteau à l'orange, ça ne t'aidera pas mais c'est toujours réconfortant XD